医師の手取りはいくら？2026年版｜勤務医・開業医の税金と手取り

最終更新: 2026年3月

医師は高収入職業の代表格ですが、高年収帯では所得税率が最大45%に達するため、「思ったより手取りが少ない」と感じる方も多いのではないでしょうか。この記事では、勤務医・開業医それぞれの税金の仕組みと年収別の手取りを解説し、効果的な節税対策も紹介します。

勤務医vs開業医の税金の違い

医師の手取りを考える上で、まず勤務医と開業医では税金の仕組みが根本的に異なることを理解する必要があります。

開業医の概算経費率（社会保険診療報酬の特例）

社会保険診療報酬が年間5,000万円以下の開業医には「概算経費率」の特例（措置法26条）が適用できます。これは実際の経費にかかわらず、収入に応じた概算経費を計上できる制度です。

高年収帯（1000万〜2000万）の税負担率

医師の多くが該当する年収1,000万〜2,000万円帯では、累進課税により税負担が急激に重くなります。以下は勤務医（独身・40歳未満）を想定した概算です。

年収1,000万円から2,000万円に倍増しても、手取りは723万円→1,314万円と約1.8倍にしかなりません。1,000万円の増加分のうち、約410万円が税金と社会保険料で消える計算です。

当直・バイトの税務処理

多くの勤務医が本業以外に当直やアルバイトで収入を得ています。これらの税務上の取り扱いを正しく理解しておくことが重要です。

2か所以上の給与がある場合

本業の病院以外から給与を受けている場合、確定申告が必要です（副収入が年間20万円超の場合）。バイト先の給与は本業の給与と合算されるため、バイト収入には本業の最高税率が適用される点に注意してください。

例えば本業の年収が1,500万円（所得税率33%帯）の勤務医が月1回の当直で年間120万円のバイト収入がある場合、バイト収入120万円のうち約53万円（所得税33%＋住民税10%＋復興特別所得税）が税金となります。

源泉徴収と確定申告

バイト先では「乙欄」で源泉徴収されるのが一般的です。乙欄の源泉徴収率は一律ではなく、支給額に応じて3.063〜45.945%が徴収されます。確定申告で本業の給与と合算し、過不足を精算します。多くの場合、乙欄は税率が高めに設定されているため、確定申告で還付になるケースもあります。

節税対策（特定支出控除・法人化検討）

高年収の医師にとって、合法的な節税対策は手取りを大きく改善する手段です。主な方法を紹介します。

1. 特定支出控除

給与所得者が業務に関連する支出が給与所得控除の1/2を超えた場合、超えた分を控除できる制度です。医師は学会参加費（旅費含む）・医学書・研修費が高額になりやすいため、活用できる可能性があります。

年収1,500万円の場合、給与所得控除の1/2は97.5万円。年間の学会参加費・書籍代・研修費が100万円かかっていれば、2.5万円の特定支出控除が受けられます。ただし、勤務先の証明書が必要な点に注意してください。

2. ふるさと納税

高年収の医師はふるさと納税の控除上限額も大きくなります。年収1,500万円（独身）の場合、上限は約39万円。年収2,000万円なら約56万円です。実質2,000円の負担で各地の返礼品を受け取れるため、必ず活用すべき制度です。

3. iDeCo（個人型確定拠出年金）

勤務医の場合、企業年金の有無により掛金上限が異なります。上限いっぱい拠出した場合の節税効果は、税率33%帯の医師で年間約5〜27万円の節税になります。

4. 不動産投資

減価償却費による赤字を給与所得と損益通算できるため、高税率の医師にとって節税効果が大きくなります。ただし、投資リスクが伴うため、節税目的だけでなく投資としての収益性も慎重に検討してください。

5. 医療法人化の検討

開業医の場合、所得が一定額を超えると医療法人化による節税メリットが生まれます。

一般的に所得（売上−経費）が2,000万円を超えるあたりから法人化のメリットが出始めます。ただし、設立費用（約100万円）、社会保険料の事業主負担増、事務コスト増なども考慮する必要があります。

年収別手取り表

以下は勤務医（給与所得者・独身・40歳未満・扶養なし）の年収別手取りの概算一覧です。